Die Weser und ihre Zuflüsse liegen ausschließlich im Hoheitsgebiets Deutschlands und werden geographisch sowie wasserwirtschaftlich unterteilt in die Abschnitte Oberweser, Mittelweser, Tide- oder Unterweser und innere Außenweser.

Die Oberweser (Hann. Münden- Porta Westfalica) ist ein 199 km langer Mittelgebirgsfluss, der als Zusammenfluss von Fulda und Werra beginnt. In Hameln befindet sich die einzige Staustufe der Oberweser. Dominierende Fischarten in der Oberweser waren neben dem als häufig bezeichneten Aal laut historischen Quellen Döbel und Barbe (von dem Borne, 1882).  Der Aal wird heute für die Oberweser als Leitart geführt. Die Oberweser unterliegt als typischer Mittelgebirgsfluss starken Schwankungen in der Wasserführung.  Für den Pegel Porta Westfalica am Übergang zur Mittelweser beträgt die mittlere Wasserführung 185 m³ je Sekunde. Bei mittlerem Niedrigwasserstand beträgt die Fließgeschwindigkeit etwa 0,8 m je Sekunde.

Die Mittelweser (Porta Westfalica – Bremen Hemelingen) ist 168 km lang, weist sieben Staustufen auf und wird durch Schleusenkanäle teilweise abgekürzt. Historisch als häufig bezeichnete Arten umfassen neben dem Aal Aland, Barbe, Döbel, Rotauge und Ukelei, im weiter flussabwärts gelegenen Teil vor allem auch Brachsen (von dem Borne, 1882). Die heutige Fischfauna der durch Staustufen geprägten Mittelweser zeigt vor allem Arten der Bleiregion wie den Brachsen. In der Mittelweser ist der Aal mit einem gegenüber der Oberweser höheren Anteil Leitart. Die Mittelweser wird durch sieben Staustufen reguliert und durch Schleusenkanäle teilweise abgekürzt. Bei Intschede (südlich von Bremen) beträgt im Mittel der Jahre 1941 - 1999 der Oberwasserabfluss (MQ) 326 m³ je Sekunde. Bei mittlerem Niedrigwasserstand beträgt die relativ geringe Fließgeschwindigkeit etwa 0,5 - 0,7 m je Sekunde, bedingt durch die Staustufen in der Mittelweser.

Die Unterweser (von Bremen Hemelingen bis zur Mündung in die Nordsee) ist 65 km lang. In Bremerhaven endet die Unterweser und beginnt die innere Außenweser, die dem Mündungstrichter des Ästuars entspricht. Historisch wird neben dem Aal, Kaulbarsch, Stint, Dreistachliger Stichling und Flunder als häufig bezeichnet, hinzu kommt das Auftreten von periodisch ins Brackwasser vordringenden Seewasserfischen wie dem Hering (von dem Borne, 1882). In der Unterweser ist der Aal heute Leitart. Die Wassermenge in der Unterweser beträgt bei mittlerem Abfluss und mittlerer Tide am Bremer Weserwehr 327 m³ je Sekunde und steigt kontinuierlich bis zu einem Wert von circa 6.600 m³ je Sekunde bei Bremerhaven. Durch den ständigen Gezeitenwechsel benötigt jedoch ein Wasserkörper zwischen 2 und 24 Tagen, um die relative kurze Strecke bis zur Nordsee zu überwinden

Bedeutendste Nebengewässer sind die Quellflüsse Werra und Fulda (Oberweser), die Aller mit ihrem größten Zufluss, der Leine (Mittelweser) sowie Hunte und Wümme (Tideweser). In Werra und Fulda werden Aale historisch neben Barbe, Döbel und einigen anderen Arten zu den häufigen Arten gezählt. In der Leine wird der Aal überall als häufig beschrieben.

Bedeutende Seen mit natürlicher Anbindung an das Weserflussystem sind das Steinhuder Meer (2.769 ha) und der Dümmer See (1.333 ha). Das Steinhuder Meer weist eine maximale Tiefe von 3 m bei einer mittleren Tiefe von ca. 1,5 m und der Dümmer eine maximale Tiefe von 1,5 m bei einer mittleren Tiefe von ca. 1 m auf. Beide Seen besitzen eine natürliche Anbindung an die Weser. Der Aal ist in beiden sowohl historisch als auch aktuell zu den häufigen Arten zu zählen (Mehner et al., 2004) und von großer Bedeutung für die heimische Fischwirtschaft. Weiter gibt es im Einzugs- und Überschwemmungsgebiet der Weser eine große Anzahl von Bodenabbaugewässern (meist Kiesseen), welche ganzjährig oder zeitweise bei Hochwasser in Wasserverbindung mit dem Weserflussgebiet stehen und eine ebenfalls hohe Bedeutung als Aalaufwuchs- und Aallebensraum besitzen.